Лицензию Вам дадут только в Перми, по месту прописки, но действительна она на всей территории РФ.
Если будете получать единую платную справку на оружие - ее можно получать где угодно, только у нее ограниченный срок действия - 3 месяца.

Сейф... проверять его будут по месту прописки.

Т.е. Вам нужно сначала купить сейф, установить его дома в Перми, подать там заявление и все бумаги. Покзать сейф участковому. Затем можно возвращаться в Москву на месяцок, пока делают лицензию. Периодически им звонить и спрашивать, готово или нет. Как готово - снова в Пермь, забираете там лицензию, откручиваете сейф и везете все это дело в Москву. А там уже прикручиваете сейф по месту фактического проживания. Проверять сейф там никто не будет, но он нужен. Для себя.